La Autoridad Nacional de Acuicultura y Pesca  AUNAP, cuenta con siete (7) Direcciones Regionales ubicadas en diferentes departamentos del país, con capacidad para resolver los asuntos de su área de influencia.

Funciones

1. Ejecutar las políticas, planes, programas y proyectos de competencia de la AUNAP en su correspondiente jurisdicción, de conformidad con los lineamientos y delegaciones señalados por el Director General y adelantar el seguimiento y evaluación de los mismos.
2. Ordenar los gastos, realizar las operaciones y gestionar los convenios y contratos necesarios para el cumplimiento de los objetivos y funciones de la AUNAP en su ámbito de competencia, de conformidad con la delegación expresa que disponga el Director General.
3. Participar en la formulación de planes y programas, con el objeto de garantizar la articulación institucional y de organizaciones públicas, privadas y sociales, teniendo en cuenta la perspectiva regional y local.
4. Ejecutar los procesos de administración de recursos pesqueros y acuícolas en lo referente a investigación, ordenamiento, registro y control, de conformidad con la delegación expresa que para el efecto otorgue la Dirección General.
5. Otorgar permisos, patentes, concesiones y autorizaciones para ejercer la actividad pesquera y acuícola, de acuerdo con la delegación del Director General y mantener actualizado el registro de pesca y acuicultura de sus áreas de influencia, según los instructivos establecidos por las Direcciones Técnicas de la AUNAP.
6. Realizar seguimiento y evaluación al cumplimiento de los planes, programas y proyectos adelantados en su jurisdicción, presentar los informes correspondientes y apoyar la evaluación de impacto de las acciones institucionales.
7. Administrar la infraestructura informática y mantener actualizadas las bases de datos, según los instructivos del nivel central.
8. Efectuar en el área de su jurisdicción los procesos administrativos y financieros según su competencia y rendir los respectivos informes a las Direcciones Técnicas y Oficinas, según los procesos que se establezcan.
9. Expedir los actos administrativos y celebrar los contratos que sean requeridos para el cumplimiento de sus funciones, de conformidad con la delegación que establezca la Dirección General.
10. Apoyar el desarrollo y sostenimiento del sistema integrado de gestión institucional de la Autoridad Nacional de Acuicultura y Pesca –AUNAP.
11. Las demás funciones que le sean asignadas y que por su naturaleza le correspondan.